Trước đây, Vĩnh Nguơn là một xã thuộc thị xã Châu Đốc.

Ngày 19 tháng 7 năm 2013, Chính phủ ban hành Nghị quyết 86/NQ-CP[1]. Theo đó, thành lập phường Vĩnh Nguơn trên cơ sở toàn bộ 947,30 ha diện tích tự nhiên và 7.489 người của xã Vĩnh Nguơn, đồng thời chuyển thị xã Châu Đốc thành thành phố Châu Đốc thuộc tỉnh An Giang.